Penelitian ini mengkaji tentang tata kelola sistem keamanan nasional Indonesia yang ada saat ini maupun yang seharusnya berlaku di Indonesia dalam menghadapi ancaman yang sudah multidimensi. Arti penting dari penelitian ini adalah memperjelas konsep keamanan nasional dan sistem keamanan nasional serta tata kelolanya, termasuk memperjelas posisi dan hubungan konsep Sistem Keamanan Nasional dengan Sistem Pertahanan dan Keamanan Rakyat Semesta, sehingga diharapkan penanganan ancaman terhadap keamanan nasional dapat dilakukan dengan lebih baik lagi dan komprehensif. Tujuan penelitian ini adalah membangun tata kelola sistem keamanan nasional Indonesia yang komprehensif yang dapat menghadapi dinamika lingkungan strategis abad 21. Metode penelitian menggunakan kuasi kualitatif dengan teknik analisis data kualitatif dan Soft System Methodology. Penelitian ini menyimpulkan bahwa terdapat relevansi yang kuat dan saling melengkapi antara konsep sistem keamanan nasional dengan konsep Sistem Pertahanan dan Keamanan Rakyat Semesta. Selanjutnya, tata kelola sistem keamanan nasional harus dilaksanakan oleh Presiden melalui lembaga Dewan Keamanan Nasional. Oleh karena itu perlu didukung oleh peraturan perundang-undangan. Pembuatan kebijakan terkait tata kelola sistem keamanan nasional dapat dilakukan dengan metode tata kelola kolaboratif pada 3 tataran kebijakan yaitu pada Policy Level berupa pembuatan Undang-Undang Keamanan Nasional, pada Organizational Level berupa pembuatan Peraturan Presiden Tentang Dewan Keamanan Nasional dan pada Operasional Level berupa pembuatan Peraturan Sekretariat Jenderal Tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekretariat Jenderal Dewan Keamanan Nasional. Dengan melihat urgensinya, dapat dilakukan pembentukan Peraturan Presiden tentang Dewan Keamanan Nasional dan Sekretariat Jenderalnya terlebih dahulu kemudian disusul pembentukan Undang-Undang tentang Keamanan Nasional.