TNI AL merupakan pelaksana tugas pertahanan laut yang memerlukan kesiapan kondisi teknis dukungan logistik diantaranya sumber energi bahan bakar kapal. Penggunaan bahan bakar nuklir berupa thorium diharapkan dapat menjadi sumber energi alternatif sehingga strategi pengembangan untuk mencapai kemandirian Alutsista. Dislitbangal sebagai lembaga penelitian dan pengembangan dituntut menentukan arah penelitian sehingga tujuan penelitian untuk mengetahui strategi pengembangan thorium sebagai sumber energi alternatif dalam mendukung operasional dan logistik alutsista matra laut. Jenis penelitian adalah quasi-kualitatif dengan metode wawancara, kuesioner, observasi dan studi literatur. Penelitian menggunakan konsep manajemen strategi Fred R. David (2011) dengan batasan tahap formulasi. Pemetaan potensi thorium menggunakan konsep tiga trilemma dimensi energi. Analisis faktor internal organisasi menggunakan elemen 7s Mc Kinsey Framework sedangkan faktor eksternal menggunakan elemen PESTLE. Strategi prioritas ditentukan menggunakan analisis SWOT-AHP. Hasil penelitian menunjukkan thorium memiliki potensi besar karena lebih ramah lingkungan dengan jumlah melimpah dan biaya lebih rendah daripada bahan bakar minyak pada kapal namun membutuhkan sistem proteksi tinggi. Bobot nilai kekuatan organisasi tertinggi 1,89 dengan faktor tertinggi sistem dan infrastruktur sedangkan kelemahan 1,81 dengan kurangnya jumlah peneliti muda. Peluang memiliki bobot nilai 1,78 dengan peluang tertinggi adanya pengurangan biaya operasional dan maintenance bahan bakar pada kapal sedangkan bobot nilai ancaman berjumlah 1,8 dengan ancaman tertinggi kebutuhan investasi yang besar. Penghitungan AHP menunjukkan strategi SO (Strengths-Opportunity) menduduki ranking ranting tertinggi dengan nilai 0,56 yaitu melakukan kerjasama dengan mitra terkait, penetapan HAKI pada hasil penelitian dan pengembangan serta melakukan kajian mendalam mengenai keuntungan penggunaan thorium.