Kerjasama antara Indonesia dengan Filipina dalam menanghadapi masalah keamanan di perbatasan sempat memunculkan wacana tentang adanya pengiriman prajurit TNI tapi pada kenyataannya tidak dapat terwujud karena adanya beberapa kendala dan perbedaan dalam prinsip politik luar negeri kedua negara. Karena itu, penting untuk melakukan kajian terhadap kerjasama tersebut untuk melihat berbagai faktor yang mempengaruhi kerjasama pertahanan mereka, dan bagaimana pemerintah Indonesia merespon kendala tersebut. Kerangka teoretis yang digunakan dalam penelitian ini adalah teori konstruktivisme dan konsep kerjasama pertahanan. Data primer dikumpulkan melalui wawancara terhadap pembuat kebijakan dan pakar serta didukung sumber sekunder. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dan deskriptif analisis. Hasil penelitian menunjukkan adanya perbedaan dan kesamaan dalam norma yang dimiliki oleh kedua negara, norma tersebut kemudian menjadi landasan bagi kedua negara ketika melakukan sosialisasi dalam berbagai forum kerjasama internasional dan kemudian memunculkan identitas bersama. Terlihat peningkatan kerjasama keamanan kedua negara dari intensitas, frekuensi dan jumlah institusi. Selanjutnya, Pemerintah Indonesia merespon berbagai kendala dalam wacana pengiriman karena adanya prinsip yang dipertahankan oleh Indonesia. Yaitu prinsip non aliansi dan prinsip non intervensi, meskipun begitu Indonesia tetap akan memberikan bantuan jika sudah mendapatkan kesepakatan, perbedaan metode penanggulangan tidak menjadi masalah bagi kerjasama karena adanya badan pusat terorisme dari masing-masing negara, mengenai kurangnya masalah kepercayaan ditangani dengan berbagai forum kerjasama, pada perkembangannya terjadi operasi bersama pasukan melintasi batas negara.