Imigran ilegal adalah permasalahan bersama antara Indonesia dan Australia. Namun, dalam penanganannya di wilayah perbatasan laut, Indonesia melakukan pendekatan kemanusiaan dan Australia melakukan pendekatan keamanan melalui Operation Sovereign Border yang berdampak pada konfrontasi diplomatik kedua negara. Oleh karena permasalahan tersebut, fokus penelitian ini adalah sinergi kedua negara dalam upaya menangani imigran ilegal di wilayah perbatasan laut dengan dibagi menjadi dua pertanyaan penelitian yaitu mengenai kepentingan nasional kedua negara dalam perspektif keamanan nasional dan diplomasi pertahanan apa yang telah dilakukan. Peneliti menggunakan konsep keamanan nasional, migrasi sebagai isu keamanan, cooperative security, diplomasi pertahanan, teori naval diplomacy serta konsep sinergi. Metode penelitian yang digunakan adalah metode kualitatif dengan sumber data primer yaitu wawancara dan data sekunder yaitu studi pustaka. Teknik pengolahan data dilakukan dengan software NVivo yang sangat bermanfaat untuk coding, triangulasi data dan menemukan relasi data dengan narasumber sedangkan Soft System Methodology digunakan sebagai teknik analisis data yang terdiri atas tujuh tahap penelitian yang sangat komprehensif dalam menjelaskan penelitian. Hasil penelitian ini adalah kedua negara belum bersinergi. Indonesia dan Australia memiliki kepentingan keamanan non-tradisional yang sama dan kepentingan keamanan tradisional yang berbeda sebab Indonesia mempunyai basis kepentingan teritorial yang bertolak belakang dengan kepentingan imigrasi Australia. Indonesia dan Australia telah melaksanakan diplomasi pertahanan secara bilateral melalui 2+2 Dialogue, Pertemuan Menteri Pertahanan dan Navy to Navy Talk tetapi belum menghasilkan solusi konkret sehingga sharing responsibility dan Confidence Building Mesures belum tercapai. Dengan demikian dibutuhkan naval diplomacy untuk mendukung diplomasi pertahanan melalui patroli terkoordinasi yang harus dirumuskan SAP dan SEP agar kepentingan kedua negara dapat tercapai.