Kepulauan Natuna merupakan salah satu kawasan perbatasan yang bernilai sangat strategis bagi Indonesia, namun pembangunannya masih tertinggal. Dalam perspektif ekonomi pertahanan, ketertinggalan pembangunan di Kepulauan Natuna membuat ancaman pertahanan dan keamanan belum dapat ditangkal secara optimal serta rendahnya
pendapatan daerah dan kesejahteraan masyarakat Kepulauan Natuna. Berlandaskan latar belakang tersebut, tujuan utama penelitian ini adalah perumusan langkah-langkah untuk meningkatkan efektivitas implementasi kebijakan pembangunan kawasan perbatasan oleh seluruh pemangku kepentingan yang terlibat di Kepulauan Natuna. Pendekatan kualitatif dengan teknik analisis data Soft System Methodology digunakan dalam penelitian untuk merumuskan saran tindak pemecahan masalah. Software NVivo digunakan dalam pengolahan data penelitian. Hasil penelitian menunjukkan implementasi kebijakan belum berjalan secara efektif disebabkan masih terdapat cara pandang sektoral pada beberapa instansi yang terlibat, adanya tumpang tindih kepentingan pemerintah pusat dan daerah, lemahnya kewenangan Badan Nasional Pengelola Perbatasan
(BNPP) dalam mengontrol Kementerian/Lembaga Pemerintah NonKementerian (K/L) pelaksana teknis kebijakan, partisipasi masyarakat yang masih insidentil dalam mendukung implementasi kebijakan, keterbatasan sumber daya anggaran dan manusia, serta karakteristik geografis wilayah Kepulauan Natuna. Peningkatan efektivitas implementasi kebijakan perlu dilakukan melalui penguatan kewenangan BNPP, penetapan Rencana Tata Ruang Kawasan Perbatasan, penggeseran cara pandang K/L pelaksana teknis dari berorientasi sektoral menjadi holistik, peningkatan sinergi antara pemerintah dengan sektor swasta dan perguruan tinggi menggunakan konsep triple helix cooperation, perancangan model partisipasi masyarakat lokal berbasis social capital, serta evaluasi dan peningkatan penerapan kebijakan tol laut di Kepulauan Natuna.