Penurunan nilai opini Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) terhadap Kementerian Pertahanan tahun 2013-2016 mengindikasikan adanya permasalahan terkait akuntabilitas kinerja pada Kementerian Pertahanan. Hal ini didukung pula oleh rapor akuntabilitas kinerja instansi pemerintah versi Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi (Menpan-RB) tahun 2015-2016 Kementerian Pertahanan mendapatkan predikat B dan masuk ke dalam urutan ke- 45 dari 86 Kementerian/Lembaga yang dinilai. Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh penganggaran berbasis kinerja dan penganggaran partisipatif terhadap akuntabilitas kinerja pada Sekretariat Jenderal Kementerian Pertahanan. Penelitian menggunakan metode kuantitatif dengan analisis regresi linier berganda. Data dikumpulkan menggunakan kuesioner. Populasi sekaligus sampel dalam penelitian ini adalah seluruh personel Sekretariat Jenderal Kementerian Pertahanan yang terlibat dalam penyusunan anggaran sebanyak 83 orang. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) Penganggaran berbasis kinerja secara langsung berpengaruh positif dan signifikan terhadap akuntabilitas kinerja berdasarkan koefisien regresi penganggaran berbasis kinerja 0,933, dengan signifikansi 0,000 < 0,05, thitung (10,611) > ttabel (1,933), (2) Penganggaran partisipatif secara langsung berpengaruh positif dan signifikan terhadap akuntabilitas kinerja berdasarkan koefisien regresi penganggaran partisipatif 0,179, dengan signifikansi 0,002 < 0,05, thitung (3,140) > ttabel (1,933), (3) Penganggaran berbasis kinerja dan penganggaran partisipatif secara simultan
berpengaruh positif dan signifikan terhadap akuntabilitas kinerja berdasarkan nilai Fhitung (112,993) > Ftabel (3,09) dengan signifikansi 0,000 < 0,05, dan (4) Nilai adjusted R square 0,732 yang berarti bahwa setiap variabel bebas dalam model penelitian ini berperan dalam memengaruhi variabel terikat sebesar 73,2%, dan sisanya dipengaruhi faktor lain yang tidak dibahas dalam penelitian ini.