Masyarakat Yogyakarta merupakan masyarakat multikultur, yang rentan terhadap konflik yang disebabkan oleh perbedaan, salah satunya konflik dengan isu agama. Dalam upaya pencegahan konflik, sesuai dengan sistem pertahanan semesta yang dianut Indonesia, sinergi sipil-militer menjadi poin penting penyelenggaraan pertahanan negara. Situasi yang diharapkan adalah terciptanya sinergi antara unsur militer dalam hal ini Korem 072/Pamungkas, sebagai Satuan Komando Kewilayahan TNI AD yang melaksanakan Pembinaan Teritorial, dengan Pemda DIY dalam pencegahan konflik dengan isu agama di Yogyakarta. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan sinergi Korem 072/Pamungkas dengan Pemda DIY dalam pencegahan konflik dengan isu agama melalui pelaksanaan Pembinaan Teritorial dan bagaimana isu agama mewarnai karakter konflik yang terjadi di Yogyakarta. Penelitian ini menggunakan desain penelitian kualitatif
dengan jenis penelitian studi kasus. Pengumpulan data dilakukan dengan observasi, wawancara, studi literatur dan materi audio-visual. Adapun informan penelitian terdiri dari Kepala Seksi Teritorial Korem 072/Pamungkas, Kepala Bakesbangpol DIY, Kapolda DIY, Kakanwil Kemenag DIY, Ketua FKUB DIY, Dandim-Dandim di wilayah Korem 072/Pamungkas dan tokoh agama serta masyarakat. Data kemudian dianalisis dengan teknik analisis data kualitatif yang dikembangkan oleh Creswell sementara pengecekan keabsahan data menggunakan triangulasi sumber dan membercheck. Hasil penelitian ini adalah, sinergi antara Korem 072/Pamungkas dengan Pemda DIY dalam pencegahan konflik dengan isu agama di Yogyakarta, telah terwujud pada level visi strategis dan sinergi kerja yang responsif, sementara masih ditemukan kendala pada intergasi dan harmonisasi antar lembaga. Konflik dengan isu agama yang terjadi di Yogyakarta diakibatkan oleh kondisi masyarakat Yogyakarta itu sendiri yang multikultur, dengan aktor kelompok kultural berupa organisasi Islam dengan corak konservatif dan dipicu oleh permasalahan dengan isu agama mulai dari perizinan tempat ibadah hingga alasan keresahan masyarakat.