Potensi ancaman yang ada di Perairan Indonesia semakin multidimensional. Ancaman ini dipengaruh oleh dinamika lingkungan strategis khususnya di IndoPasifik,serta dihadapkan pada fakta bahwa Indonesia adalah negara yang 2/3 wilayahnya adalah lautan. Perairan Indonesia juga memiliki 3 ALKI dan 4 chock points strategis, serta berada di jantung Kawasan Asia-Pasifik. Selain itu perairan Indonesia di dominasi laut dalam sehingga sangat ideal untuk operasi Kapal selam. Kapal selam merupakan alutsista Angkatan Laut yang sangat strategis dan berperan memberikan efek penangkalan atau deterrence. Asia telah menjadi gambaran nyata Kawasan dengan proloferasi kapal selam terbesar di dunia. Namun jika melihat kekuatan dan kemampuan kapal selam Indonesia, 4 kapal selam masih jauh dari ideal jika dibandingkan dengan luas wilayah yang harus di cover. Upaya meningkatkan kekuatan dan kemampuan kapal selam Indonesia dapat dilihat dari kebijakan terbaru Kerjasama antara Indonesia dan Korea Selatan dalam membangun kapal selam Nagapasa Class. Namun dalam pelaksanaannya masih banyak evaluasi dan kurang tepat sasaran. Indonesia perlu memiliki kebijakan pembangunan kapal selam yang spesifik, dan jangka panjang. Metode penelitian ini menggunakan kualitatif fenomenologi, dan data didapatkan dari wawancara, observasi, dan studi pustaka. Penelitian ini menganalisis potensi ancaman ke depan dilanjutkan dengan analisis kebijakan pertahanan dalam pembangunan kapal selam melalui kerangka input-proses-output. Hasil penelitian ini menunjukkan kebijakan pertahanan dalam membangun kekuatan kapal selam Indonesia sangat dipengaruhi oleh faktor persepsi ancaman oleh elit politik pengambil kebijakan pertahanan, political will, dan leadership. Saran dari penelitian ini bahwa perlu upaya untuk menyatukan persepsi ancaman para pengambil keputusan, sehingga kebijakan diwujudkan melalui political will dan leadership.