Kerentanan penyalahgunaan agen biologi menjadi alat teror merupakan isu yang belakangan ini marak menjadi perbincangan. Instruksi Presiden Republik Indonesia nomor 4 Tahun 2019 berisi instruksi kepada kementerian dan lembaga terkait dalam meningkatkan kemampuan ketahanan nasional yang beberapa diantaranya diakibatkan oleh wabah penyakit, pandemi global, dan kedaruratan nubika. Namun faktanya pada saat terjadi covid-19 dikeluarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 7 Tahun 2020 Tentang Gugus Tugas Percepatan Penanganan Corona Virus Desease 2019 (Covid-19), hal ini menandakan bahwa peraturan yang sudah ada sebelumnya masih belum mampu untuk membangun suatu sistem pertahanan biologi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi ancaman penyebaran senjata biologi di Indonesia dan menganalisis sistem pertahanan biologi yang harus diperbaiki serta untuk mengetahui interoperabilitas kementerian dan lembaga terkait dalam menghadapi potensi ancaman tersebut. Metode yang digunakan adalah kualitatif dengan teknik pengumpulan data menggunakan wawancara dan studi literatur. Hasil penelitian menunjukkan bahwa potensi ancaman penyebaran senjata biologi di Indonesia dapat datang dari state actor maupun non-state actor. Potensi lainnya berupa penyakit zoonosis dan beberapa racun dari tumbuhan yang dapat disalahgunakan.Dalam memperbaiki sistem pertahanan biologi maka perlu dibuat peraturan khusus mengenai biosafety dan biosecurity ataupun terkait sanksi penyalahgunaan mikroorganisme menjadi senjata biologi. Dalam rangka meningkatkan interoperabilitas antar instansi maka harus dilakukan Field Training Exercise (FTX) secara rutin dalam rangka evaluasi kebijakan yang sudah dibentuk sebelumnya. Peneliti memberikan rekomendasi yaitu perlu adanya suatu divisi khusus di Kementerian Kesehatan sebagai salah satu Unsur Utama dalam pertahanan nirmiliter yang berkaitan dengan agen biologi mengingat ancaman yang datang tidak hanya berasal dari hewan (zoonosis).