Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi ancaman dari pulau Sipadan dan pulau Ligitan ke IKN Nusantara yang berhubungan dengan luasan pulau Sipadan & pulau Ligitan dan luas laut teritorial yang berubah setelah putusan Mahkamah Internasional tahun 2002. Metode yang digunakan adalah analisis geospasial untuk mensimulasi dan mengkalkulasi luasan batas laut teritorial yang kini menjadi hak negara Malaysia, menginterpretasi kondisi fisik pulau Sipadan dan pulau Ligitan, serta menganalisis potensi ancaman yang mungkin muncul di masa depan. Data dasar geospasial yang digunakan yaitu peta ZEE 15 tahun 1999, citra pada Google Earth Pro & Bing Maps, dan batimetri tahun 2019. Analisis potensi ancaman menggunakan data range kecepatan pesawat tempur Malaysia dan kapal selam. Pengolahan data dan analisis menggunakan sofware ArcGIS dan aplikasi Google Earth Pro. Hasil penelitian yang diperoleh yaitu luas batas laut teritorial yang berubah sebesar 1.934,53 km2& pulau Ligitan luasnya 0,116 km, kondisi fisik pulau Sipadan luasnya 0,172 km2; dan di kedua pulau tersebut belum ada tanda-tanda pembangunan yang masif. Analisis potensi ancaman menggunakan simulasi operasi lintas udara, pendaratan, dan kapal selam diawali dengan perhitungan geospasial jarak-jarak dari pulau Sipadan ke IKN Nusantara didapat perkiraan 602 km, range waktu tempuh pesawat tempur 15-38 menit. Untuk operasi pendaratan pantai diperoleh informasi jarak terdekat antara pulau Sipadan dengan pulau Sebatik yaitu 78,941 km. Untuk potensi ancaman opepasi kapal selam jalur ALKI II merupakan jalur yang sesuai untuk dilalui kapal selam. Kesimpulan yang diperoleh adalah penelitian ini bisa digunakan sebagai studi simulasi di masa depan dengan asumsi pulau Sipadan dan pulau Ligitan merupakan pangkalan militer.