Konflik SARA merupakan ancaman terhadap keamanan nasional. Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan salah satu wilayah yang mempunyai tingkat keragaman sosial yang tinggi. Dalam beberapa tahun terakhir, muncul beberapa kali tindakan yang berpotensi konflik SARA. Pemerintah daerah bertanggungjawab dalam pencegahan konflik sosial. Intoleransi yang muncul menegaskan perlu ada strategi terpadu dan sinergi mengimplementasi sistem deteksi dini. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis mengenai peran pemerintah daerah menjaga keamanan nasional dalam pencegahan konflik SARA serta strategi yang dilakukannya dalam mendeteksi dini potensi konflik SARA. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan pendekatan fenomenologi dengan berpikir induktif berparadigma konstruktivisme. Subyek penelitian berasal dari Badan Kesbangpol Provinsi DIY dan Kabupaten/ Kota di DIY, TNI, Kepolisian, dan Forum Masyarakat yang semuanya berjumlah 14 orang. Hasil dari penelitian ini adalah pemerintah daerah turut menjaga keamanan nasional dalam rangka mendukung ketenteraman, ketertiban umum, dan perlindungan masyarakat (tramtibumlinmas). Upaya pencegahan konflik dilakukan dengan menjaga kedamaian, membangun sistem penyelesaian damai berbasis masyarakat dan musyawarah, meredam potensi, dan membangun sistem peringatan dini internal pemerintah daerah. Potensi konflik SARA muncul karena adanya konflik nilai, fanatisme, etnosentrisme, dan eksklusifivisme yang berkembang. Tujuan (ends) dari strategi sistem deteksi dini ini adalah mengidentifikasi kerawanan sosial di masyarakat untuk dikaji dan menghasilkan informasi akurat dan lengkap sebagai dasar untuk menentukan kebijakan pencegahan konflik SARA. Sumber daya (means) yang dugunakan dalam strategi ini mencakup 3 jenis: aktor, anggaran, dan instrumen teknis. Aktor yang terlibat meliputi aktor pemerintah utama, aktor pemerintah pendukung, dan masyarakat. Anggaran yang digunakan berasal dari keuangan negara dan swadaya masyarakat. Instrumen yang dipakai adalah media sosial, SISDASISCAM, E-Binmas, BOS, dan media elektornik lain. Langkah yang dilakukan meliputi pembinaan, pengumpulan informasi, pengolahan informasi, tindak lanjut, dan peringatan dini. Penelitian ini dapat menjadi model bagi riset selanjutnya mengenai sistem deteksi dini konflik di daerah lain sesuai dengan karakteristik masing-masing.