Saat ini domain siber telah menjadi strategi baru yang dapat menimbulkan kerugian yang berdampak strategis bagi suatu negara. Kondisi saat ini menunjukkan bahwa domain siber saat ini juga telah digunakan dalam operasi intelijen. Minimnya dukungan SDM, dukungan infrastruktur dan dukungan sumberdana menimbulkan kekhawatiran tentang kesiapan BIN dan BAIS TNI dalam menghadapi ancaman intelijen siber di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menyampaikan bahwa operasi intelijen yang dilakukan oleh kedua institusi yang selama ini terkesan parsial dapat lebih efektif jika dilakukan dalam kerangka kerjasama antar institusi. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan metode kualitatif dengan pendekatan studi kasus. Analisis dilakukan secara komprehensif melalui analisis mendalam terhadap isu-isu yang diangkat. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa penanganan ancaman intelijen siber di Indonesia tidak dapat dilakukan secara parsial karena berbagai tantagan yang dihadapi saat ini. Perlu adanya kerjasama yang konkrit berdasarkan regulasi yang berlaku antara BIN dan BAIS TNI agar dapat menghasilkan produk-produk intelijen yang unggul. Oleh karena itu, perlu disediakan suatu koridor untuk melakukan kerjasama misalkan melalui peraturan atau melalui nota kesepahaman yang bisa dilanjutkan dengan perjanjian kerjasama.