Kabupaten Administratif Kepulauan Seribu dimekarkan atas dasar pertimbangan yang tertuang dalam Peraturan Pemerintah Nomor 55 Tahun 2001, saat proses pemekaran pembentukan daerah baru melalui rancangan pemekaran daerah terdapat kelemahan yaitu tidak adanya penegasan batas wilayah sehingga terhadinya sengketa batas wilayah dengan Provinsi Banten di perbatasan Kepulauan Seribu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mengapa konflik batas wilayah antara Kepulauan Seribu dengan Provinsi Banten dapat terjadi, serta bagaimana Permendagri dapat dijadikan sebagai sebuah resolusi konflik bagi daerah yang bersengketa. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan melibatkan 11 narasumber dan 12 masyarakat kepulauan seribu dan dianalisis menggunakan teori strategi lykke 1990. Temuan peneliti dalam tesis ini yaitu konflik terjadi karena penarikan garis pantai, dengan berlandaskan penarikan batas wilayah tidak sampai 12 mil di pulau terluar yaitu pulau batang besar & batang kecil. Adapun strategi Kementerian Dalam Negeri terhadap penegasan batas wilayah Provinsi DKI Jakarta & Provinsi Banten adalah dengan berpedoman pada Permendagri Nomor 141 tahun 2017. Setelah melalui pembahasan oleh Kemendagri sejak 2020 pada tanggal 1 September 2022 dilaksanakan penandatanganan rancangan Permendagri terhadap batas laut Provinsi DKI Jakarta, Provinsi Banten dan Provinsi Lampung. Peta terlampir dalam BA menjadi peta terpadu, Kunci dari penegasan batas wilayah laut (SDA laut) adalah membagi secara adil dan proporsional. Kedepannya perlu ada kajian dan pengembangan penelitian yang lebih mendalam dan tidak terburu-buru terhadap penarikan batas wilayah sebelum dimekarkannya sebuah daerah baru dari induk daerahnya, agar tidak terjadi konflik perbatasan setelah proses pemekaran daerah sehingga dapat tercapainya tujuan dari pemekaran daerah dan terwujudnya keamanan nasional.