Ancaman biologi merupakan salah satu ancaman yang dapat mengganggu keamanan nasional. Covid-19 merupakan salah satu bentuk ancaman biologi yang telah mengganggu keamanan nasional di Indonesia bahkan di dunia. TNI memiliki tugas Operasi Militer Selain Perang dalam menghadapi bencana termasuk ancaman biologi. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis Kapasitas Organisasi Kesehatan TNI dalam menghadapi ancaman biologi guna mendukung keamanan nasional. Metode yang digunakan peneliti dalam penelitian ini adalah kualitatif deskriptif. Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa organisasi kesehatan TNI memiliki pengetahuan dan ketrampilan yang baik dalam menghadapi ancaman biologi meskipun pada awal pandemi belum siap karena Covid 19 merupakan penyakit new emerging. Ketatalaksanaan organisasi kesehatan TNI sudah baik, hal tersebut dapat dilihat dari dilaksanakannya pedoman dan petunjuk pelaksanaan terkait operasi militer selain perang bahwa organisasi kesehatan TNI sudah bekerjasama dengan baik bersama stakeholder. Sistem pengambilan keputusan dari oragnisasi kesehatan TNI juga sudah baik karena memiliki proses pengambilan keputusan militer yang melihat berbagai kondisi tugas. Sistem pengambilan keputusan yang dilakukan sumber daya kesehatan TNI juga tidak memandang siapa yang memimpin operasi militer selain perang tersebut.