Batas Negara Republik Indonesia dengan Republik Demokratik Timor Leste memiliki 2 permasalahan penegasan batas yaitu Unresolved Segment dan Unsurveyed Segment. Desa Haumeni Ana yang terletak di Kecamatan Bikomi Nilulat, Kabupaten Timor Tengah Utara, Provinsi Nusa Tenggara Timur merupakan salah satu titik Unsurveyed Segment. Penegasan batas wilayah ini sesuai dengan Provisional Agreement tahun 2005 yang berlandaskan Traktat 1904 dan keputusan Permanent Court of Arbitration (PCA) 1914. Namun, masyarakat Haumeni Ana menolak penegasan ini, menganggapnya sebagai produk penjajah dan bertentangan dengan kesepakatan adat yang lebih dahulu menetapkan batas wilayah Haumeni Ana dan Passabe (Distrik Oecusse-RDTL). Tujuan penelitian ini menganalisis strategi dan peran Pemerintah dalam menangani konflik di Desa Haumeni Ana pada konteks Unsurveyed Segment. Metodologi penelitian yang digunakan adalah metode kualitatif dengan pendekatan studi kasus melalui wawancara terhadap 8 informan yang terdiri dari pejabat Kementerian Dalam Negeri, BNPP,TNI, Pemerintah Daerah Kab. TTU, dan Masyarakat Desa Haumeni Ana, melakukan observasi lapangan serta studi dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa akar masalah dari konflik ini terjadi karena ketidakcocokan antara pengakuan hukum internasional dan praktik adat lokal dalam penentuan batas negara. Maka dapat disimpulkan bahwa perlunya pemerintah berperan sebagai mediator inklusif yang mempertimbangkan aspek hukum, sosial, budaya, dan ekonomi serta melakukan strategi penyelesaian konflik yang mencakup keseimbangan antara kepatuhan internasional dan perlindungan hak-hak lokal, dengan penekanan pada dialog, pengakuan hak ulayat, dan kompensasi komprehensif.