Realisasi waktu tempuh pelayaran kapal angkutan barang tol laut belum sepenuhnya menyinggahi pelabuhan sesuai dengan jadwal dan surat keputusan trayek. Hal ini mengakibatkan belum terjaminnya ketersediaan pelayanan tol laut yang tepat waktu bagi pengguna jasa, pelayanan kapal tol laut belum sepenuhnya mampu menjaga ketersediaan barang kebutuhan pokok akibat belum lancarnya arus pelayaran kapal yang digunakan untuk mengangkut barang. Tujuan penelitian ini adalah membangun jaringan rute baru tol laut guna memperlancar arus barang dan menganalisa aspek keamanan dan keselamatan pelayaran di wilayah Papua Bagian Utara. Penelitian ini menggunakan mixed method dengan desain penelitian yaitu The Embedded Design. Hasil penelitian pada perencanaan pembangunan jaringan rute baru tol laut adalah dengan menghubungkan trayek T-9 dan T-19 menjadi 1 trayek baru dapat menghemat biaya subsidi sebesar Rp. 171 Juta. Jarak tempuh pelayaran pada rute baru tersebut yaitu 1932 Nm dengan frekuensi berlayar yaitu 23 voyage. Dalam 1 voyage, sea time nya 6,7 hari dan port time 2 hari. Hasil penelitian pada aspek keamanan dan keselamatan pelayaran adalah Papua Bagian Utara termasuk zona yang aman untuk dilayari karena minim terhadap gangguan keamanan maritim, sampai dengan saat ini belum pernah ada kasus seperti pembajakan, crash. Namun, terdapat beberapa kendala salah satunya yaitu keterbatasan unsur/alutsista dan masih terdapat kapal-kapal sipil yang tidak menyalakan AIS, hal ini dapat menjadi potensi ancaman di kemudian hari, oleh sebab itu perlunya peningkatan koordinasi dan komunikasi antar stakeholder terkait di laut. Dari segi keselamatan pelayaran, pada tahun 2023 ini hanya terjadi 5 kecelakaan kapal dan bukan merupakan kecelakaan pada kapal tol laut.