Keanekaragaman suku di Indonesia yang tinggi berpotensi menghasilkan keragaman genetik, termasuk pada gen terkait malaria. Polimorfisme gen yang mengkode protein yang terlibat dalam fungsi kekebalan dan pengikatan parasit ke sel inang manusia menjadi fokus perhatian bagi beberapa penelitian. Dalam memahami patogenesis malaria serta tingkat keparahan yang ditimbulkan akibat infeksi malaria. Mengetahui varian SNPs terkait malaria pada genom manusia. Pada penelitian ini dilakukan Analisis In Silico terhadap SNPs pada genom manusia yang memiliki pengaruh terhadap gejala klinis malaria. Penelitian dimulai dengan mencari SNPs malaria yang sesuai melalui penelusuran literatur dan memilih SNPs yang memiliki pengaruh klinis terhadap maria. SNPs terpilih kemudian dianalisis total SNPs pada protein terkait dan pengaruhnya terhadap klinis malaria. SNPs yang memengaruhi protein target kemudian dianalisis pemodelan struktur in silico dan dibandingkan antara protein native dan mutant. Pada penelusuran SNPs dipilih 3 protein TLR4, ICAM1, IL22 yang memiliki klinis terhadap malaria. SNPs yang ditemukan rata-rata berada di daerah Exon sehingga memengaruhi ekspresi dari asam amino. Analisis perubahan mutasi pada Pymol menunjukkan mutasi terbesar pada rs4986790 dengan RMSD 0.014, yang diprediksi memiliki variant klinis lebih besar. Berdasarkan prediksi SNPs dengan Analisis VEP menunjukkan prediksi variant tertinggi pada TLR4 dengan 21.653 prediksi mutasi SNPs, dan ICAM1 dengan variasi mutasi tertinggi dengan rata-rata varian klinis 6 varian pada setiap SNPs (599,99%). Hasil analisis menunjukkan bahwa variasi SNPs pada gen TLR4, ICAM1, dan IL22 dapat mempengaruhi respons tubuh terhadap infeksi malaria. Penelitian lebih lanjut diperlukan agar variant SNPs yang diprediksi secara In Silico bisa terbukti secara klinis.