Separatisme merupakan salah satu isu yang berpotensi menjadi ancaman keamanan nasional maupun internasional. Republik Maluku Selatan (RMS) dan Organisasi Papua Merdeka (OPM) merupakan contoh dari beberapa kasus separatisme yang pernah terjadi di Indonesia. Permasalahan penelitian yaitu tentang perkembangan gerakan RMS dan OPM, serta ancaman yang dilahirkan oleh kedua gerakan tersebut, dan penanganan terhadap kedua gerakan ini. Tujuan dari penelitian ini untuk menganalisis persamaan dan perbedaan gerakan RMS dan OPM, maupun ancaman dan dampak yang dilahirkan oleh kedua gerakan tersebut, serta menganalisa penanganan RMS dan OPM sebagai penguatan kedaulatan negara. Penelitian ini menggunakan metode komparatif kualitatif dengan menggunakan teknik pengumpulan data wawancara dan dokumentasi. Hasil dari penelitian ini, pertama dari segi persamaan dari kedua gerakan ini ada dalam aspek diplomasi, advokasi, dan demonstrasi. Namun yang membedakannya adalah OPM masih menggunakan aksi bersenjata dan diplomasi internasionalnya lebih mendominasi dibandingkan RMS. Kedua, ancaman yang dilahirkan oleh kedua kelompok tersebut terhadap Indonesia terlihat berbeda, yakni intensitas ancaman OPM lebih tinggi jika dibandingkan RMS. Namun karena RMS merupakan kelompok separatis sehingga masih menjadi ancaman potensial yang pada waktu-waktu tertentu dapat menjadi ancaman terhadap kedaulatan Indonesia. Dan dalam penanganannya, pemerintah hanya memiliki dua pilihan, yakni melepaskan Maluku dan Papua sebagaimana klaim sejarah dan perbedaan nasionalisme, atau berkonsenterasi dalam menangani dengan menggunakan berbagai metode penanganan. Kesimpulan, terdapat kesamaan motivas RMS dan OPM, namun perbedaannya terletak pada aspek metode, sedangkan dalam aspek ancaman, OPM melahirkan ancaman lebih besar dibandingkan RMS, namun RMS masih tetap menjadi ancaman potensial. Sementara penanganan, diperlukan berbagai metode untuk menangani ancaman RMS dan OPM.