Kondisi negara yang terus berubah meniscayakan perlunya upaya berkesinambungan dalam menghadapi ancaman guna mendukung Keamanan Nasional, dan Pesantren memiliki potensi untuk lebih berperan dalam upaya tersebut. Penelitian ini membicarakan tentang bagaimana memperkuat peran Pesantren yang terlibat guna mendukung Keamanan Nasional, khususnya terkait dengan ancaman nonmiliter berdimensi ideologi dengan menganalisis faktor-faktor yang berpengaruh bagi Pesantren untuk ikut berperan, fungsi Pesantren yang menjadi prioritas penguatan, dan bagaimana kebijakan yang perlu diterapkan. Penelitian dilakukan dengan metode penelitian
kombinasi antara penelitian kuantitatif, Analytical Network Process, dan penelitian kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan faktor dominan yang berpengaruh ada pada persepsi adanya pemerintahan yang baik, hukum yang berkeadilan, dukungan pemerintah, dan keteladanan baik dari pemimpin yang hanya signifikan ketika tingkat faktor tersebut tersebut tinggi, dan akan lebih dipengaruhi oleh bagaimana pandangan keluarga, kiai, dan rekan atau teman sesama alumni Pesantren apabila faktor tersebut rendah. Prioritas penguatan adalah pada fungsi pemberdayaan masyarakat yang dikombinasikan dengan penguatan fungsi dakwah untuk antisipasi dinamika yang mungkin terjadi, dengan tidak meninggalkan penguatan fungsi Pendidikan. Kebijakan disusun sebagai kebijakan yang mengafirmasi dan merekognisi ketiga fungsi Pesantren untuk membentuk komitmen bersama yang selaras dengan komitmen kebangsaan, secara terintegrasi dan saling mengontrol dalam pelaksanaannya, serta menjaga motivasi dengan pemberian pengakuan. Kebijakan diarahkan untuk pengakuan dan praktek prinsip-prinsip Pancasila sebagai nilai dan norma dasar dalam setiap aspek kehidupan Pesantren dengan pelibatan semua anggota komunitas pesantren, reorientasi berpikir dan
peningkatan kapasitas para pengasuh, serta regulasi standarisasi kurikulum dan
pengasuhan berikut sistem pengawasan dan evaluasi dengan mengoptimalkan peran Majelis Masyayikh, berikut sosialisasi yang lebih luas mengenai Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren, fasilitasi dalam menjalankan mandat dari ketiga fungsi Pesantren, serta pendanaan untuk melaksanaan program.